Генетический анализатор Agena Bioscience MassARRAY 4

Описание

Генетический анализатор MALDI-TOF MassARRAY 4 от компании Agena Bioscience (ex. Sequenom Inc.) – современное, высокотехнологичное, высокопроизводительное, нанотехнологическое оборудование, для полномасштабного генетического, эпигенетического, траскриптомного и мутационного анализа. Возможности генетического анализатора MassARRAY 4 охватывают секвенирование, минисеквенирование, генотипирование, анализ SNP и CNV, полногеномный скрининг и таргетный скрининг, картирование онкогенов и т.д. 
Генетический анализатор MassARRAY 4 успешно применяется для научных и прикладных целей в медицине и диагностике, в молекулярной генетике, в фармакогенетике, микробиологии и биотехнологии. 
Благодаря методу прямой детекции (времяпролётная масс-спектрометрия), без флуоресцентных меток, достигается эталонная чувствительность, осуществляется полномасштабное генотипирование, недоступное NGS, что позволяет проводить генетические исследования на принципиально новом уровне.

Генетический анализатор MassARRAY 4 – это:

• SNP генотипирование
• Анализ CNV
• Профилирование онкогенов
• Анализ экспрессии генов
• Анализ числа копий генов
• Метилирование ДНК
• Идентификация микроорганизмов

Времяпролётный масс-спектрометр MassARRAY 4 – универсальный прибор для генетических исследований.

• Чувствительность – одна копия ДНК
• Точность – до одного нуклеотида
• «Умная технология» - распознавание неспецифического продукта амплификации (распознавание редких SNP, CNV)
• Количественный анализ – определение аллельности, зиготности, CNV от 0 копий и т.д.
• Открытая система: создание собственных оригинальных библиотек
• Валидация данных, полученных с помощью NGS
• Полногеномный скрининг для средних и крупных лабораторий

Генетический анализатор MassARRAY 4 имеет четыре основные протокола, на основе которых выстроены все панели. Agena предлагает ряд готовых решений для генетического анализатора и возможность создавать собственные панели пользователей для конкретных задач.

Протокол iPLEX Gold для SNP генотипирования

Протокол iPLEX GOLD – передовая технология SNP генотипирования и количественного определения SNP. Протокол позволяет проводить как рутинные определения SNP, так и детальное картирование, исследование сцепленных генов, определять аллельность, зиготность и т.д. 
iPLEX Gold – основа для готовых общих и специальных решений, которые включают диагностику и исследование онкологических заболеваний, профилирование и диагностику редких соматических мутаций, генотипирование по группам крови, фармакогенетические панели, панели ID для идентификации человека и животных по любым образцам. На основе протокола iPLEX Gold можно создавать индивидуальные пользовательские панели или вносить изменения в предлагаемые готовые решения. Открытость системы позволяет использовать реагенты любых производителей.

Основные особенности:

• Эталонная точность определения SNP – 99,7%
• Чувствительность к нестандартным событиям - ложная ПЦР, SNP трёх и боле аллелей и т.д.
• Высокая воспроизводимость
• Высокая производительность – одновременный анализ до 60 реакций в одной лунке чипа
• Высокая скорость анализа – от 100 до 160 000 SNP за 45 минут
• Самая низкая себестоимость анализа SNP на рынке
• Минимальное количество используемого образца

Протокол EpiTYPER для количественного анализа метилирования ДНК

Протокол EpiTYPER – готовое решение для сотен клинически значимых генов, позволяющее количественно определять метилирование ДНК. Протокол EpiTYPER проводит многократный анализ CpG-сайтов в одной реакции из одного ампликона и подсчитывает множественные CpG-сайты в последовательностях до 600 пар оснований.
Протокол EpiTYPER эффективен для исследования не только свежих образцов, биопсийного материала т.п., но и для работы с фиксированными тканями и фрагментированной ДНК в образцах. 
Протокол EpiTYPER подходит для массового скрининга и применяется в эпигеномике для ранней и сверхранней диагностики онкологических заболеваний.

Основные особенности:

• Высокая точность - не менее 98-99%
• Высокая чувствительность - шаговое различие в определении уровня метилирования 5%
• Не нужны флуоресцентные метки
• 384/96-луночный формат
• Минимальный стартовый объём ДНК для проведения реакции – 5 нг

Протокол QGE для количественного анализа экспрессии генов

Количественный анализ экспрессии генов по методу времяпролётной масс-спектрометрии использует прямую детекцию, т.е. для проведения анализа не нужны флуоресцентные метки. Прямое детектирование позволяет определять уровень экспрессии генов с высокой точностью (до 10% различия в уровне экспрессии). Протокол QGE используется при анализе вариантов сплайсинга и потере гетерозиготности, для определения вариабельности числа копий генов, анализа степени инфицирования организмов и выявления устойчивости к инфекциям и исследования реакции на лекарственные препараты. Протокол QGE подходит для массового скрининга биомаркеров и валидационных исследований.

Основные особенности:

• 25х мультплексность для рутинных анализов
• 384/96-луночный формат
• Сверхчувствительность – 1-3 копии ДНК на реакцию
• Минимальный стартовый объём реакции – 5-10 нг ДНК
• Не нужны флуоресцентные метки

Протокол iSEQ для идентификации микроорганизмов

Протокол iSEQ позволяет проводить идентификацию и типирование грибов, бактерий и вирусов, создавая собственные и используя сторонние базы данных. Протокол объединяет простоту ПЦР и чувствительность масс-спектрометрии MALDI-TOF, анализируя и сравнивая последовательности ДНК в автоматизированном режиме. Протокол iSEQ с высокой точностью и воспроизводимостью осуществляет видовую идентификацию и штаммовую дискриминацию микробов, вирусов и т.п. Протокол включает автоматическую идентификацию, анализ вариабельности последовательности, кластеризацию, определение степени инфицирования (нагрузки) и составление собственных геномных библиотек для последующей идентификации видов и штаммов.

Основные особенности

• Двухстадийная амплификация: ПЦР и транскрипция in vitro
• Определение различия в один нуклеотид
• Для анализа одного образца необходимо всего 30 нл продукта ПЦР
• Время анализа 384 реакций менее одного часа
• Производительность до 614 400 п.о. в день

На базе четырёх основных протоколов создано множество готовых решений для различных исследовательских и прикладных задач. Открытость системы позволяет легко разрабатывать индивидуальные пользовательские панели для конкретных исследований.
Генетический анализатор MassARRAY 4 успешно применяется для секвенирования, минисеквенирования, генотипирования, полногеномного скрининга, таргетного скрининга, анализа SNP и CNV, определения мутационного статуса, для исследования метилирования ДНК, аллельности, зиготности, гаплотипа, онкоассоциированных генов, генов-супрессоров, для диагностики ЗНО и ранней онкодиагностики, для разработки адресной химиотерапии и таргетной терапии, для фармакогенетических исследований, для диагностики заболеваний плода по крови матери и т.п. Результаты, полученные с помощью времяпролётного масс-спектрометра MassARRAY 4, используются в онкологии, в медицине, в сельском хозяйстве, в молекулярной генетике, в фармакогенетике и многих других областях.

Технологический комплекс генетического анализатора MALDI-TOF

Компактный генетический анализатор MassARRAY 4
Настольный MALDI-TOF масс-спектрометр разработан специально для генетических исследований и сочетает в себе высокие стандарты качества результатов и простоту работы. Система работает с двумя микрочипами SpectroCHIP для 384 или 96 образцов, чипы универсальны и подходят для всех протоколов. Чип - многоразовый, лунка чипа - одноразовая. Производительность за один рабочий день 10 микрочипов (до 3 840 образцов).

Нанодиспенсер MassARRAY RS 1000
Нанодиспенсер используется для быстрого нанесения образца на микрочип SpectroCHIP. В стандартной конфигурации нанодиспенсер работает с двумя матрицами. Точность дозирования нанолитровых объемов делает возможным количественный анализ (локусов, аллелей, зиготности, инфицирования и т.д.). Время переноса 384/96 образцов менее 10 минут.